Los principales acontecimientos que articulan la historia son: la devoción y fidelidad de Peri (término derivado del antiguo tupí piripiri, un tipo de caña),[2] el indio Goitacá, a Cecília de Mariz (a quien a menudo se le llama Ceci, término derivado del antiguo tupí sasy, "su dolor": en este caso, el dolor de Peri al ver su amor por Cecília no correspondido);[3] el amor de Isabel por Álvaro y este por Cecília; la muerte accidental de una india aimoré a manos de Dom Diogo y la consiguiente revuelta y ataque de los aimoré, todo lo cual coincide con una rebelión de los hombres de Dom Antônio de Mariz, liderados por Loredano, un hombre ambicioso y malhumorado que quiere saquear la casa y secuestrar a Cecília.
Álvaro, quien ya conocía el amor de Isabel por él y la amaba, resulta herido en la batalla contra los aimoré. Isabel, al ver el cuerpo de su amante en su habitación, intenta suicidarse asfixiándose junto con el de Álvaro. Al verlo vivo, intenta salvarlo, pero él se niega y mueren juntos.
Durante el ataque, Don Antônio, al darse cuenta de que ya no puede resistir, le encarga a Peri que salve a Cecília, tras haberlo bautizado. Ambos se marchan, con Cecília durmiendo, y Peri observa cómo la casa explota a lo lejos. Cecília se queda sola con Peri.