Os principais fatos que articulam a história são: a devoção e fidelidade de Peri (termo oriundo do tupi antigo piripiri, uma espécie de junco),[2] índio goitacá, a Cecília de Mariz (que é frequentemente chamada de Ceci, termo derivado do tupi antigo sasy, "a dor dele": no caso, a dor de Peri por não ver correspondido seu amor por Cecília);[3] o amor de Isabel por Álvaro, e o amor deste por Cecília; a morte acidental de uma índia aimoré por dom Diogo e a consequente revolta e ataque dos aimorés, tudo isso ocorrendo com uma rebelião dos homens de dom Antônio de Mariz, liderados por Loredano, homem ambicioso e mau-caráter, que deseja saquear a casa e raptar Cecília.
Álvaro, que já conhecia o amor de Isabel por ele e também já a amava, se machuca na batalha contra os aimorés. Isabel, vendo o corpo do amado em seu quarto, tenta se matar asfixiada junto com o corpo de Álvaro. Quando o vê vivo, tenta salvá-lo, porém ele não permite e morrem juntos.
Durante o ataque, dom Antônio, ao perceber que não havia mais condições de resistir, incumbe, a Peri, salvar Cecília, após tê-lo batizado como cristão. Os dois partem, com Ceci adormecida, e Peri vê, ao longe, a casa explodir. A Cecília, só resta Peri.
Durante dias, Peri e Cecília partem para um destino desconhecido e são surpreendidos por uma forte tempestade, que se transforma em dilúvio. Abrigados no topo de uma palmeira, Cecília espera a morte chegar, mas Peri conta uma lenda indígena segundo a qual Tamandaré e sua esposa se salvaram de um dilúvio abrigando-se na copa de uma palmeira desprendida da terra e alimentando-se de seus frutos. Ao término da enchente, Tamandaré e esposa descem e povoam a Terra.
As águas sobem, Cecília se desespera. Peri, com uma grande força, arranca a palmeira e faz, dela, uma canoa para poderem continuar pelo rio, deixando subentendido que a lenda de Tamandaré se repetiu com Peri e Cecília.
Durante días, Peri y Cecília parten hacia un destino desconocido y son sorprendidos por una fuerte tormenta que se convierte en una inundación. Refugiada en lo alto de una palmera, Cecília espera la llegada de la muerte, pero Peri cuenta una leyenda indígena según la cual Tamandaré y su esposa se salvaron de una inundación al refugiarse en la copa de una palmera desprendida de la tierra y alimentarse de su fruto. Cuando la inundación amaina, Tamandaré y su esposa descienden y pueblan la Tierra.
Las aguas suben y Cecília se desespera. Peri, con gran fuerza, arranca la palmera y construye una canoa con ella para poder continuar río abajo, lo que implica que la leyenda de Tamandaré se ha repetido con Peri y Cecília.
